Οι εφαρμογές της Brainbox συνοδεύονται από εργονομικό, λειτουργικό και εξειδικευμένο στην κάθε υλοποίηση σύστημα  διαχείριση περιεχομένου. Ο διαχειριστής-ιδιοκτήτης του κόμβου έχει στα χέρια του μια πληθώρα εργαλείων για τη διαχείριση του site, την επικοινωνία με τους επισκέπτες αλλά και τον καθορισμό στρατηγικών marketing.

Ενδεικτικά εργαλεία που περιλαμβάνονται είναι:
On-line WYSIWYG Editor
Εργαλείο Εισαγωγής Εικόνων
Εργαλείο Εισαγωγής Αρχείων (Files Uploading Manager).
Εργαλείο Διαχείρισης Επικοινωνίας με τους Επισκέπτες του Web Site.
Εργαλείο Διαχείρισης Λίστας ηλεκτρονικού ταχυδρομείου
Αναλυτή Κίνησης ηλεκτρονικού καταστήματος
Εργαλείο ανάπτυξης Photo Gallery
Εργαλείο διαχείρισης Banner
Εργαλείο διαχείρισης web links
Εργαλείο δημιουργίας και διαχείρισης δημοσκοπήσεων
Εργαλείο διαχείρισης News Feeds
Τα βασικά στοιχεία διαχείρισης περιγράφονται ως εξής:
i.    Εργαλείο διαχείρισης διαφημιστικών Banner
ii.    Εργαλείο διαχείρισης Επαφών
iii.    Διαχείριση Newsfeeds ? Ροών ειδήσεων
iv.    Διαχείριση Polls - Δημοσκοπήσεων
v.    Διαχείριση Αναζητήσεων επισκεπτών
vi.    Διαχείριση Weblinks - Δικτυακών συνδέσμων
vii.    Διαχείριση Modules
viii.    Διαχείριση άρθρων
ix.    Κατανομή περιεχομένου σε Ενότητες και Κατηγορίες
x.    Διαχείριση Archived content - Αρχειοθετημένο περιεχόμενο
xi.    Δυνατότητα προσθήκης Custom HTML
xii.    Ενσωμάτωση αυτόματου οδηγού πλοήγησης
xiii.    Διαχείριση προστατευμένου περιεχομένου / περιεχομένου διαθέσιμου σε εγγεγραμμένους χρήστες
xiv.    Διαχείριση μενού πλοήγησης στον κόμβο
xv.    Διαχείριση Περιεχομένου Υψηλής Επισκεψιμότητας και Νέων
xvi.    Εφαρμογή News Flash - Επικαιρότητα
xvii.    Εφαρμογή on-line Polls ? Δικτυακών δημοσκοπήσεων
xviii.    Random Image Τυχαία εικόνα
xix.    Εφαρμογή Σχετικά άρθρα ? Προιόντα
xx.    Διαχείριση εφαρμογής Αναζήτησης
xxi.    Εφαρμογή εμφάνισης Συνδεδεμένων χρηστών
xxii.    Εφαρμογή έκδοσης στατιστικών στοιχείων
xxiii.    XML-RPC Plugin